Angou Gakuen no Iroha

いろはは、通常の生徒であり、シーザー・アカデミーに入学します。シーザー・アカデミーは、生徒たちが常に限られた時間の中で暗号を解くという過酷な学校です。謎の人物であるコゴエが、いろはに特別な一対のメガネを渡します。そのメガネには予想外の秘密が隠されています。