Angou Gakuen no Iroha

이로하(Iroha)는 평범한 학생으로, 암호를 끊임없이 풀어야 하는 혹독한 학교인 사이퍼 아카데미(Cipher Academy)에 입학한다. 이곳에서는 학생들이 쉬는 시간이 거의 없이 코드를 해결해야 한다. 신비한 인물 코고에(Kogoe)는 이로하에게 놀라운 비밀을 간직한 특이한 안경을 건넨다.