Appleseed α

元SWATのオフィサーであるデューナンと、彼女の義体人間のパートナー・ブリアレオスは、『Appleseed』の出来事の前、戦争によって壊滅したニューヨーク市に到着する。この都市は、宇宙人UFOの侵攻が間近にあるという確信を持つ義体人間の市長によって統治されている。ブリアレオスの能力によって一時的な安全が確保されるが、この都市は基本的に人間にとって住みにくい場所である。デューナンとブリアレオスが別れると、市長の状況はさらに悪化する。デューナンは人間のアウトカストたちのグループに加わり、市長は彼らの協力を得ようと考えるようになる。両グループは互いの違いを乗り越えて、グローバルな災害を防ぐ必要がある。