Genkai Chitai Season2: Ether no Mura

4人の大学生が、廃墟となった山の村を発見し、そこでまだ稼働中の巨大な永久機関を見つけ出す。その起源や目的を明らかにしようと試みる中で、彼らは次々と姿を消していく。別の一連の物語では、生まれてからずっと見えない重荷を背負ってきた少女が、不思議なヒキヅリ家の兄弟と出会い、彼らと共に暮らしながら自分の状態について調べていく。一連の不思議な出来事の後、その兄弟の叔父がやって来る。