Hana to Kurage to Refrain

高校一年生で、部活には呪術研究部に所属する彼女は、部員たちとともに地元の神社を訪れて超常現象の噂を調査していた。そこで、行方不明事件を調べているクラスメートと出会う。その神社は、彼女が10年前に一時的に姿を消した場所でもあった。彼の関心に惹かれ、彼女は謎の解明に関わることになり、次第に不思議な出来事が起こってゆく。調査を通じて二人の関係は変化し、超常現象とロマンチック・コメディが交錯した物語が展開されていく。