Sidonia no Kishi: Ai Tsumugu Hoshi

지구가 외계종족 가우나의 공격으로 파괴된 후, 마지막 인류는 거대한 세대선 시도니아에 피신하게 된다. 오랜 시간 동안 우주를 항해하던 시도니아는 수십 년의 침묵 이후 다시 가우나의 공격을 받게 되었고, 인간과 가우나의 혼혈인 시라우이 토무기와 뛰어난 가디언 기체 조종사 타니카제 나가테의 노력으로 일시적인 안정을 되찾는다. 십 년이 지난 후, 시도니아의 주민들은 평화로운 시기를 보내고 있다. 이 시기에 토무기는 나가테를 향한 자신의 감정을 점차 이해하게 되는데, 그는 이제 영웅으로 여겨지고 있다. 그러나 코바야시 선장은 가우나가 존재하는 한 평화는 여전히 취약하다는 것을 잘 알고 있다. 마지막 대결이 결정되는데, 이는 마지막 인류의 생존을 결정짓는 전투가 될 것이다. 전투가 다가오면서 승조원들은 자신이 소중히 여기는 이들을 보호하기 위해 싸워야 한다.