Toaru Kagaku no Railgun S

이 시즌은 기존 시리즈의 연장선에 있으며, 초능력 학원 도시 아카데미 시티 내에서 수상한 활동을 벌이는 학생들을 복제하는 조직을 중심으로 전개된다. 전기 조작을 특기로 하는 최상위 에스페어였던 주인공은 이러한 복제에 대한 소문을 무시하던 중 자신과 완전히 똑같은 복제체를 만나게 된다. 그녀는 자신을 '동생'이라고 부르는 이 복제체들이 인간 실험 대상이 되어 가장 강력한 에스페어를 창조하려는 목적 아래 살해당하고 있음을 알게 되고, 이들을 구출하고 조직을 무너뜨리기로 결심한다. 조직의 수장인 야망에 불타는 냉혹한 에스페어와 맞서 싸우는 과정에서 그녀는 자신만이 아카데미 시티의 은밀한 실험의 피해자가 아니라는 사실을 알게 되고, 이로 인해 그녀와 그녀의 동료인 '저지먼트'는 행동에 나선다.