Sensuikan Super 99

W przyszłości Ziemia jest kontrolowana przez Morski Cesarstwo, a ostatnią nadzieją ludzkości jest SS-99, submersybel stworzony przez doktora Juzou Oki. Susumu Oki, główny mechanik statku, dołącza do załogi, by wziąć udział w misjach na pokładzie SS-99 mających na celu uratowanie planety.