Full Metal Panic! Invisible Victory

เก้าเดือนผ่านไปนับตั้งแต่ทหารวัยรุ่นเริ่มปกป้อง Kaname Chidori ผู้หญิงสาวคนหนึ่งอย่างลับๆ ในช่วงเวลานี้ องค์กรทหารได้ป้องกันภัยคุกคามจากกลุ่มคู่แข่งได้อย่างมีประสิทธิภาพ แต่ความสำเร็จนี้กลับทำให้ความมุ่งมั่นของฝ่ายตรงข้ามเพิ่มขึ้นมากขึ้น ชายคนหนึ่งชื่อ Leonard Testarossa เยือน Kaname และบุคคลอีกคนหนึ่ง ซึ่งเป็นจุดเริ่มต้นของการกระทำที่รุนแรงมากขึ้น รวมถึงการแทรกแซงการสื่อสารระดับโลก เนื่องจากสถานะพิเศษของเธอ Kaname จึงเป็นเป้าหมายหลักของฝ่ายตรงข้าม ทำให้เธอไม่สามารถใช้ชีวิตแบบปกติในโรงเรียนมัธยมของเธอได้