Eleven Soul

21. yüzyılın ortasına gelindiğinde insan toplumu ciddi bir çöküş içindedir. Ticari talep tarafından sürüklenecek şekilde ilerleyen genetik teknoloji gelişmeleri, hızlı bilimsel ilerlemeye yol açmıştır. "Ölümsüzlük" geni kavramı teoriden gerçeğe dönüşmüştür. Bu gen örneğine karışan bir biyoterör olayı, yeni bir yaşam formunun doğmasına neden olur. Bu varlıklar doğadaki genetik materyalleri içine alarak evrilmeye başlar ve insan toplumuna saldırmaya kararlı yeni bir tür haline gelir. Shahel adı verilen bu varlıklar, insan askeri savunma sistemlerini yenerek zaten Kuzey ve Güney Amerika'yı ele geçirmiştir. Amerika Birleşik Devletleri ve diğer ülkeler artık yoktur. Japonya'da hükümet, Shahel ile mücadele etmek için samuraylara benzer özel bir birim oluşturmuştur. Nano-makinelerle güçlendirilmiş ve zırhlı ekzoskeletonlere sahip askerlerden oluşan bu birim, "Samuray Yerleşkesi"nde görev yapmaktadır. Tsukahara Takemichi, bu birimin ilk takımıyla görevlendirilmiştir.