第 16 集: Sophia 返回 Anatoray，政治緊張局勢升溫，Disith 軍隊突襲首都。
2003年7月22日 播出
Sophia 離開 Silvana 前往 Anatoray 首都，首相 Marius 勸諭皇帝對失去家園的 Disith 展現寬容。皇帝拒絕，處決 Disith 使者並將 Marius 軟禁。同時，Mullin 回顧過去作為火槍手的歲月，Alex 準備攻擊 Guild，Claus 向 Lavie 揭示 vanship 的真正主人。Sophia 抵達首都後呼籲團結對抗 Disith，卻被皇帝囚禁於塔中。Marius 探訪她，提及已故女兒 Euris 並計劃讓她成為皇后。在 Disith 突襲削弱的首都期間，Marius 刺殺皇帝後身亡。Vincent 從皇帝衛兵手中救出 Sophia，將她帶至 Urbanus 上確保安全。
集數
- 第 12 集 · 阿爾維斯在戰術壓力下甦醒，西爾瓦娜號正穿越危險的龍牙礁區。
- 第 13 集 · 克勞斯與塔蒂亞娜迫降絕境，迪西特陷入混亂撤離
- 第 14 集 · Lavie 回憶童年創傷，Claus 於 Norkia 淪陷後歸來
- 第 15 集 · 克勞斯得知亞歷克斯的過去，索菲婭揭露皇室身份並親吻他。
- 第 16 集 · Sophia 返回 Anatoray，政治緊張局勢升溫，Disith 軍隊突襲首都。
- 第 17 集 · Sophia 命令 Urbanus 阻止 Vitellius，Lescius 則在 Horizon Cave 將第三個 Mysterion 託付給 Alex。
- 第 18 集 · 蘇菲亞的加冕與黛爾芬的宣戰
- 第 19 集 · 西爾瓦娜與烏爾巴努斯於盟約日前利用聲學魚雷搜尋流放者
- 第 20 集 · Sophia 向飛行員簡報 Exile 的捕捉行動，Dio 克服恐懼協助 Guild 任務