第 17 集: Elvy追趕Ayato和Quon，而RahXephon在Tokyo Jupiter面對Dolem的威脅。
2002年6月12日 播出
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TERRA sends Elvy to catch Ayato and Quon, as well as bring back the RahXephon, their best defense against the Mulian invasion. (Source: HIDIVE) Elvy and Haruka go out in the Vermilion to intercept Ayato and Quon, but a Dolem appears and fights the Vermilion, and they are unable to stop Ayato and Quon. The Vermilion then follows the RahXephon in Tokyo Jupiter. At the hospital, Ayato seems amnesiac and Quon is in a comatose state until the truth is uncovered, thanks to Reika. While Maya is driving Ayato home from the hospital, he encounters Hiroko and Mamoru. Though Ayato has spent six months at the TERRA Organization, he has only been away for a month in Tokyo Jupiter. (Source: Wikipedia)
集數
- 第 13 集 · 調查 Quon 的起源與第一人形實驗體
- 第 14 集 · Quon 遭企業接管，Ayato 發現自身 Mulian 血統
- 第 15 集 · 木崎、海倫娜與一樹以學生身分生活，同時真琴回憶起保護泥偶的經過
- 第 16 集 · Ayato考慮重返Tokyo Jupiter，同時面對關於其Mulian身份的隱藏真相。
- 第 17 集 · Elvy追趕Ayato和Quon，而RahXephon在Tokyo Jupiter面對Dolem的威脅。
- 第 18 集 · 綾人與廣子於拉飛切與多蕾姆·法爾塞托交戰後逃離東京木星
- 第 19 集 · 亞門鋼太朗在經歷Vibrato與Futagami追擊的創傷後逃離Tokyo Jupiter
- 第 20 集 · 在伊勢木的統治下，綾人重返TERRA；而真守則在逃離東京後，與綾人及惠重逢。
- 第 21 集 · Isshiki 對 TERRA 的接管引發關係緊張，Mamoru 揭開 Hiroko 的過去與 Ayato 的秘密。