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Ein Konflikt zwischen der Menschheit und einem Gegner, der als „Unbekannte“ bezeichnet wird, dauert an. Vor Jahrzehnten wurden während einer Invasion Kinder in eine Kälteschlafanlage gebracht. Als sie aufwachen, stellen sie fest, dass sie übernatürliche Fähigkeiten entwickelt haben. Um die Städte Tokyo, Kanagawa und Chiba vor den „Unbekannten“ zu verteidigen, die durch ein Tor in der Tokyo Bay auftauchen, kämpfen diese Menschen.