Ep. 26: El enfrentamiento final entre los Verdaderos Xephons concluye con Ayato restaurando el mundo para reunirse con Haruka.

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Ayato despierta en una estación de metro mientras Quon toca el piano, marcando el fin de la batalla entre los dos Verdaderos Xephons. Itsuki es asesinado por Sayoko, quien revela que Helena la programó para amarlo. Ernst von Bähbem creó el RahXephon hace milenios para controlar el tiempo. Maya acepta que Ayato elige a Haruka sobre un mundo Mulian puro. Ayato derrota a Quon para restaurar una línea temporal en la que Mu nunca atacó, permitiéndole estar con Haruka. En la nueva realidad, Ayato y Haruka están casados y tienen una hija llamada Quon. Haruka habla con Megumi mientras Ayato termina un cuadro de una chica con vestido amarillo. La chica se parece a una joven Haruka, la fuente de la apariencia copiada de Ixtli.