Ep. 26: Il confronto finale tra i veri RahXephon si conclude con Ayato che ripristina il mondo per riunirsi con Haruka.
Ayato si risveglia in una stazione della metropolitana mentre Quon suona il pianoforte, segnando la fine della battaglia tra i due veri RahXephon. Itsuki viene ucciso da Sayoko, che rivela di essere stata programmata da Helena per amarlo. Ernst von Bähbem creò il RahXephon millenni fa per controllare il tempo. Maya accetta che Ayato scelga Haruka rispetto a un mondo Muliano puro. Ayato sconfigge Quon per ripristinare una linea temporale in cui Mu non ha mai attaccato, permettendogli di stare con Haruka. Nella nuova realtà, Ayato e Haruka sono sposati con una figlia di nome Quon. Haruka parla con Megumi mentre Ayato termina un dipinto di una ragazza in un vestito giallo. La ragazza assomiglia a una giovane Haruka, fonte dell'aspetto copiato di Ixtli.
Episodi
- Ep. 22 · Ayato e Quon affrontano Ixtli mentre Makoto viene licenziata dopo l'operazione anticipata.
- Ep. 23 · Le forze di Mulian chiedono la resa di RahXephon mentre Kunugi resta indietro per attivare il dispositivo del sistema Jupiter
- Ep. 24 · Ayato sceglie la sua strada nel mezzo della battaglia tra le forze di TERRA e Mulian
- Ep. 25 · Ayato e Quon rivelano la loro connessione mentre RahXephon si divide nel mezzo della distruzione della città.
- Ep. 26 · Il confronto finale tra i veri RahXephon si conclude con Ayato che ripristina il mondo per riunirsi con Haruka.