A.I.C.O. -Incarnation-

En 2035, un projet de recherche au Japon entraîne un accident baptisé « Burst », entraînant l'émergence d'une forme de vie artificielle incontrôlable appelée « Matter » qui se propage dans le vallon de Kurobe. La ville de recherche est mise sous séquestre par le gouvernement. Deux ans plus tard, Aiko Tachibana, une adolescente de 15 ans qui a perdu sa famille dans l'incident, apprend d'un nouveau venu, Yuya Kanzaki, qu'elle dissimule un secret caché. La clé pour comprendre ce secret se trouve au « Primary Point », le lieu d'origine du Burst.