एपि. 1: मिशन सक्ुरा अपने मित्र होटारू को खोजने के लिए एलिस अकादमी जाती है, जहाँ उसे स्कूल की सच्चाई का पता चलता है।

दस वर्षीय मिशन सक्ुरा गाँव में अपने दादाजी के साथ रहती है और अपने स्कूल को ध्वस्त होने से बचाने की तैयारी करती है। वह एक साल पहले अपनी सबसे अच्छी दोस्त होटारू से मिलने की याद ताज़ा करती है, और अक्सर झगड़ने के बावजूद उनकी बहनों जैसी गहरी दोस्ती का उल्लेख करती है। जब होटारू एक प्रतिष्ठित टोक्यो स्कूल चली जाती है, तो मिशन बहुत निराश हो जाती है। छह महीने की खामोशी के बाद, मिशन को पता चलता है कि वह संस्था एलिस अकादमी है, जो एलिसस नामक अनोखी क्षमताओं वाले छात्रों को गुलाम बनाती है। चिंतित होकर, मिशन अपने दादाजी को छोड़कर एलिस अकादमी में दाखिला लेने जाती है। वहाँ, शिक्षक नारुमी बताते हैं कि उसके पास भी एलिस क्षमता हो सकती है और सहायता की पेशकश करते हैं। जैसे ही वह उसकी विशिष्ट शक्ति के बारे में बताने वाला होता है, स्कूल की दीवार फट जाती है। एक काले बिल्ली के मास्क वाले लड़के का प्रकट होना, और नारुमी उसे नत्सुमे हायुगा के रूप में पहचानते हैं, जिसके पास फायर एलिसस है।

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