1화: 미카나 사쿠라는 학교의 실체를 알게 된 뒤 친구 하토루를 찾기 위해 앨리스 아카데미로 향한다.

열 살의 미카나 사쿠라는 시골에서 할아버지와 함께 살며 학교의 철거를 막기 위해 준비한다. 그녀는 일 년 전 가장 친한 친구 하토루를 만났던 일을 떠올리며, 자주 다투어도 자매 같은 유대감을 느꼈음을 기억한다. 하토루가 엘리트 도쿄 학교로 전학 가자 미카나는 큰 충격을 받으며, 6개월간의 침묵 끝에 그 기관이 고유한 능력인 앨리스를 가진 학생들을 노예로 부리는 앨리스 아카데미임을 알게 된다. 걱정된 미카나는 할아버지를 떠나 앨리스 아카데미에 입학한다. 그곳에서 나루미 선생님은 그녀가 앨리스 능력을 가질 수 있다고 말하며 도움을 제안한다. 그가 그녀의 구체적인 능력을 밝히려던 순간, 학교 벽이 폭발한다. 검은 고양이 가면을 쓴 소년이 나타나고, 나루미는 그를 파이어 앨리스를 가진 나츠메 히유가라고 소개한다.

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