एपि. 9: फेडरेशन फोर्सेस अप्सरास डेवलपमेंट बेस की तलाश में हैं जबकि शिरो की टीम जियोन्स से टकराती है।

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फेडरेशन फोर्सेस को पता चलता है कि अप्सरास को जाबुरो को नष्ट करने के लिए डिज़ाइन किया गया था और वे इसके डेवलपमेंट बेस की तलाश शुरू करते हैं। शिरो और द 08th MS टीम इस तलाश में सहायता करने के लिए दुश्मन के क्षेत्र में उतरते हैं। अपनी मिशन के दौरान, वे अचानक पीछे हट रहे जियोन्स बलों से मिलते हैं। यह मुलाकात उनकी प्राथमिक उद्देश्य में बाधा डालती है और चल रहे संघर्ष के बीच टीम को एक कठिन स्थिति में डाल देती है। कथानक तत्काल रणनीतिक चुनौतियों पर केंद्रित है जिन्हें नायक दुश्मन के क्षेत्रों से गुजरते हुए और महत्वपूर्ण डेवलपमेंट सुविधा को दुश्मन के हाथों में या नष्ट होने से पहले खोजने का प्रयास करते हुए झेलते हैं।