Ep. 1: Maya mengunjungi Shoko yang sakit sebelum sekolah sementara Soushi kembali dari Tokyo dan ancaman Festum muncul.
Tayang pada 5 Juli 2004
Maya Tomi mengunjungi Shoko Hazama yang sedang sakit di tempat tidur sebelum berangkat ke sekolah. Soushi Minashiro, yang diberi sebuah buku yang disegel dalam amplop, diyakini telah kembali dari Tokyo. Kazuki Makabe merasakan perasaan aneh di langit. Seluruh siswa diminta untuk berlindung sementara basis Alvis telah mendeteksi Festum Tipe Sphinx. Para pilot kewalahan oleh serangan Festum. Soushi meyakinkan Kazuki untuk mengemudikan Fafner Mark Elf, sementara Soushi menghubungkan diri dengan Sistem Siegfried untuk terhubung langsung dengan Kazuki.
Episode
- Ep. 1 · Maya mengunjungi Shoko yang sakit sebelum sekolah sementara Soushi kembali dari Tokyo dan ancaman Festum muncul.
- Ep. 2 · Kazuki menerima rail gun untuk mengalahkan Festum dan memutuskan untuk menjadi pilot.
- Ep. 3 · Fumihiko dan Dr. Tomi memilih anak-anak untuk pelatihan pilot Fafner di tengah keputusasaan orang tua dan misteri hantu.
- Ep. 4 · Kazuki melanggar perintah untuk menyelamatkan pesawat yang dikejar Festum saat pulau bergerak.
- Ep. 5 · Hester Gallop meminta Fafner Mark Sechs saat Festum menyerang armada dan pulau yang mendekat.