Ep. 2: Kazuki menerima rail gun untuk mengalahkan Festum dan memutuskan untuk menjadi pilot.
Tayang pada 12 Juli 2004
Festum mengantisipasi pergerakan Kazuki, namun ia diberikan rail gun pada saat terakhir untuk mengalahkan musuh. Setelah itu, banyak anak-anak tidak mengetahui keterlibatan orang tua mereka dalam invasi alien sebelumnya. Soushi mengungkapkan kepada Kazuki bahwa Jepang hancur dua puluh sembilan tahun lalu. Setelah kembali ke rumah, Kazuki memberi tahu ayahnya, Fumihiko Makabe, tentang keputusannya untuk menjadi pilot. Selama sesi pelatihan pertamanya, Kazuki mencoba synergetic suit untuk pertama kalinya.
Episode
- Ep. 1 · Maya mengunjungi Shoko yang sakit sebelum sekolah sementara Soushi kembali dari Tokyo dan ancaman Festum muncul.
- Ep. 2 · Kazuki menerima rail gun untuk mengalahkan Festum dan memutuskan untuk menjadi pilot.
- Ep. 3 · Fumihiko dan Dr. Tomi memilih anak-anak untuk pelatihan pilot Fafner di tengah keputusasaan orang tua dan misteri hantu.
- Ep. 4 · Kazuki melanggar perintah untuk menyelamatkan pesawat yang dikejar Festum saat pulau bergerak.
- Ep. 5 · Hester Gallop meminta Fafner Mark Sechs saat Festum menyerang armada dan pulau yang mendekat.
- Ep. 6 · Shoko mengorbankan dirinya untuk menghancurkan Festum sementara Kazuki menangani ancaman pertama.