Ep. 2: ProtoMan e Bass affrontano i virus mentre Duo minaccia l'esistenza della Terra
In onda il 9 ottobre 2004

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ProtoMan arriva in aiuto contro Bass mentre enormi virus minacciano il mondo reale. Lan e Chaud si preparano a inviare i loro NetNavi verso una cometa, ma Bass interviene per sconfiggere da solo il potere che minaccia la Terra. Bass incontra Slur, un subordinato di Duo, e viene sconfitto rapidamente. Duo, una forza intergalattica che cerca di cancellare la Terra a seguito delle attività oscure del Dr. Regal, viene convinto da Lan e Chaud a risparmiare il pianeta. Duo poi li sfida a dimostrare il valore dell'umanità. In seguito a questo incidente, Lan riceve la Cresta di Duo, un marchio sul palmo della mano.
Episodi
- Ep. 1 · I NetSavers indagano su una cometa mentre Bass cattura MegaMan per il suo Programma Ultimo.
- Ep. 2 · ProtoMan e Bass affrontano i virus mentre Duo minaccia l'esistenza della Terra
- Ep. 3 · BlazeQuest lancia i Progress PETs mentre Lan incontra il custode del zoo abusivo Inukai che evoca Asteroid SavageMan per vendetta.
- Ep. 4 · Mameo riceve un NetNavi distruttivo che minaccia le scorte globali di verdure, indignando Lan.
- Ep. 5 · Lan sospetta del pilota Charlie Airstar mentre insegue il direttore Sunayama con Asteroid DesertMan.
- Ep. 6 · Yui pietrifica accidentalmente un complesso commerciale con il potere di Asteroid StoneMan