Pocket Monsters: Celebi Toki wo Koeta Deai

40年前、ポケモンハンターに攻撃されたセレビィを、少年のサミーが助け出した。セレビィは時空を越える力を使って、自分自身とサミーを未来へと送り届ける。そこでは、アッシュ、ミスト、ブロッカーが手を差し伸べ、セレビィを森の癒しの湖へと連れて行く。一方、チームロケットのメンバーであるヴィシラスは、高度な技術を使ってセレビィを捕まえようとする。逃走中に、セレビィを捕まえようとしているジェシカ、ジェームズ、ニャースと出会う。彼らはセレビィを森の湖に届ける必要がある。そうしないと、セレビィが捕らえられ、森だけでなく自分たち自身も破壊されてしまうからだ。