Pocket Monsters: Celebi Toki wo Koeta Deai

40년 전, 포켓몬 사냥꾼에게 공격받은 쎄레비를 소년 샘미가 구해준다. 쎄레비는 시간여행 능력을 사용해 자신과 샘미를 미래로 보낸다. 거기서 애쉬, 미스터, 브로크가 그들을 도와 숲속의 치유의 호수로 쎄레비를 데려가게 된다. 팀로켓의 구성원 비시어스는 첨단 기술을 동원해 쎄레비를 포획하려 한다. 탈출 도중, 쎄레비를 포획하려는 제시, 제임스, 미오우스를 만나게 된다. 그들은 숲에 도착하기 전에 쎄레비가 포획되어 숲과 자신들을 파괴하는 데 악용되는 것을 막아야 한다.