Pocket Monsters Crystal: Raikou Ikazuchi no Densetsu

トレーナー見習いのケンタは、ポケモンセンターで幼なじみのマリナと再会し、戦闘を通じて自分の成長を確かめようとします。しかし、その出会いは雷雨と突然のトラブルによって打ち切られることになります。ロケット団のメンバーであるバショウとブソンが登場し、クリスタルシステムを使って電気タイプのポケモンを引き寄せるのです。彼らはシラヌイ博士の指示により、捕らえたポケモンをサカキに送還する目的を持っています。ケンタとマリナはその陰謀に気づき、それを阻止しようと試みますが、伝説のポケモンライコウがさらわれたことで、状況はさらに複雑になっていきます。