Pocket Monsters Crystal: Raikou Ikazuchi no Densetsu

켄타라는 포켓몬 트레이너 수련생은 포켓몬센터에서 어린 시절 친구 마리나와 만나 전투를 통해 자신의 성장을 확인하려 한다. 하지만 이들의 만남은 천둥번개가 치는 폭풍우와 함께 갑작스럽게 등장한 록케토단의 바쇼와 부손에 의해 끊기게 된다. 이들은 크리스탈 시스템을 사용해 전기 계열 포켓몬을 유인하고 있으며, 시라누이 교수의 지시를 받고 포획한 포켓몬을 사카키에게 돌려보내려 한다. 켄타와 마리나는 이 음모를 알게 되고 이를 저지하려 하지만, 전설의 포켓몬 라이쿠가 납치되면서 상황은 더욱 복잡해진다.