Uchuu Senkan Yamato 2199

2199年、人類はマギロスとの激しい戦争によって絶滅の瀬戸際に立たされ、地上は居住不能となり、生存者たちは地下都市に避難しています。火星に墜落した宇宙船から届けられたカプセルを受け取ったオフィサーのススム・コダイとダイスケ・シマは、その中から新たな希望をもたらす情報を得ます。マゼラン銀河の反対側に位置する惑星イサンダには、マギロスを打ち勝ち、地球を回復させる手段が存在するというのです。地球が完全に居住不能になるまでにはわずか1年しかない中、宇宙戦艦ヤマトはイサンダへの旅を命じられ、人類の存続をかけて出発します。