Yu☆Gi☆Oh!: THE DARK SIDE OF DIMENSIONS

『Yu-Gi-Oh!』のマンガが終了して6か月後、ユギ・ムトとそのクラスメートたちは高校生活の終わりに向けた準備を進めている。セト・カイバは壊れたミレニアム・パズルを回収し、アテムを復活させて未完のデュエルを終えるため、発掘調査を開始する。調査の最中、謎の人物がカイバにデュエル・モンスターズの対戦を挑み、パズルのピースを2つ奪ってしまう。その人物の真の目的はまだ明らかになっていない。状況は緊張が高まり、結果としてより深刻な事態へと発展していく。