Boku no Gakkou no Ansatsu-bu

157cmの身長を持つ福嶋礼治は、同年代の女子よりもやや背が低く、彼にとっては大きな悩みの種となっている。ある日、クラスメートの三田島由佳里と出会うが、彼女は殺人を犯した人物であり、社会上特定の人物を狙う組織「暗殺部」に所属している。由佳里に心を惹かれた礼治は、やがてその組織に加わることを決意する。物語は、礼治が思春期を過ごし、人間関係を築きながら、銃器を扱う世界へと足を踏み入れる過程を描いていく。