Boku no Gakkou no Ansatsu-bu

157cm의 키를 가진 후카사쿠 레이지의 키는 같은 나이의 평균 여학생보다 약간 작아, 그에게는 큰 문제로 여겨진다. 그는 반 친구 미타지마 유카리를 만나는데, 유카리는 살인을 저지른 채로 등장한다. 유카리는 사회의 특정 인물을 표적으로 삼는 조직인 암살부에 소속되어 있으며, 레이지는 유카리에게 마음을 빼앗기고 결국 그 조직에 들어가게 된다. 이야기는 총기를 다루는 세계에 발을 들이면서 청춘, 인간관계, 그리고 성장의 과정에서 겪는 다양한 경험을 따라간다.