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2008年、渋谷にある修成学園に通う学生である西条高見は、「ニュージェネレーション事件」と呼ばれる異常な出来事に巻き込まれていく。9月7日、5人の生徒が高層ビルから飛び降りて死亡し、9月19日には腹部に胎児が埋め込まれた男の死体が発見される。9月28日、高見はニュースを避けて過ごす中、オンラインで知り合った人物グリムとこれらの事件について話し合う。チャットにユーザー名「将軍（Shōgun）」が参加するが、グリムが退出するまで沈黙していた後、高見に暴力的な死の現場の衝撃的な画像を送る。翌日、高見はインターネットカフェから帰宅中にその場面を実際に目撃し、血まみれのピンク色の髪をした修成学園の制服を着た少女に遭遇した後、恐怖で現場から逃げ出す。その後、高見は「将軍」と「ニュージェネレーション事件」から距離を置こうとするが、次第に広がる謎に引き込まれていく。