Pact

南極で独立を宣言したテロリストグループが、沿岸各地に強力な窒素爆弾を設置しており、そのうち3つが日本沿岸に設置され、10日後に爆発する設定になっている。米国がこれらの爆弾を無効化できなかったため、日本の爆破処理チームが対応を任された。チームには若き天才である Machida Machiko がおり、彼女の指導は Aranagi Nagito という爆破処理の研修生が行っている。Machiko は Nagito と爆破処理プログラムの責任者と協定を結び、爆弾を無効化し、脅威を排除することを目的としている。しかし、最初のミッション中に予期せぬ事態が発生したため、彼らが頼りにできるのは Machiko が作成した爆破処理プログラムだけとなった。チームは、このツールを用いて爆弾の爆発を防ぎ、テロリストの計画を阻止できるかどうかを判断しなければならない。