51화: 에드워드를 구하기 위해 알폰스가 자신을 희생하고, 마스타ング가 후러를 처단하며, 단테가 최후를 맞는다.
2004년 10월 2일 방영

51
알폰스는 남은 철학자의 돌로 인간 환금을 수행해 에드워드를 되살리지만, 진리의 문으로 인해 자신의 몸을 잃는다. 에드워드의 영혼을 마주한 Envy는 Hohenheim이 살아있음을 알게 되고, 그를 쫓기 위해 녹색 드래곤으로 변신한다. 에드워드는 오른팔과 왼쪽 다리를 포함한 온전한 몸으로 깨어난다. 한편, Rose는 부상당한 Wrath를 데리고 Resembool로 도망친다. 에드워드는 자신의 생명과 알폰스의 귀환을 교환하려 하지만, 알폰스의 기억은 어머니 부활 실패 당시로 되돌아간다. 별개의 사건에서 Selim의 도움으로 마스타ング는 Führer Bradley를 처단한다. Selim은 양아버지를 약하게 만들고, 분노한 Führer가 Selim을 질식시키자 마스타ング가 그를 마무리한다. Archer가 마스타ング의 왼쪽 눈을 쏘지만, Hawkeye가 개입해 Archer를 처치한다. Dante는 엘리베이터를 타고 Führer를 찾으려 탈출하지만, Gluttony에게 먹힌다. 알폰스는 Amestris에 남고 에드워드는 진리의 문을 통해 Munich로 끌려가지만, 두 형제는 재회할 것을 다짐한다.
에피소드 수
- 47화 · 에드워드와 동맹들이 공장에서 호문쿨루스를 대면하며 그들의 창조물을 마주하다
- 48화 · 아머스트롱이 반역을 선언하고 엔비가 알폰소를 납치하며 엘릭 형제는 센트랄에서 새로운 위협에 직면한다
- 49화 · 질투가 알폰스를 호문클루스 지도자에게 데려가고 에드워드는 센트럴 아래 숨겨진 도시를 발견한다.
- 50화 · 에드워드와 호엔하임은 제1차 세계 대전 런던을 탈출하고, 단테는 호문쿨루스의 몸을 훔치기 위해 조작한다.
- 51화 · 에드워드를 구하기 위해 알폰스가 자신을 희생하고, 마스타ング가 후러를 처단하며, 단테가 최후를 맞는다.