40화: 지킬러가 하수도를 공격하고, 켄은 준을 찾으며 난부는 그들의 약점을 발견한다.

Jinpei is lost in mourning in Jun's empty shop. Elsewhere, Nambu is absorbed with the research on the Jigokiller plants. Hidden in the sewer, the Jigokiller plants start their activities and many damage reports follow. Ken refuses the order to move out, driven by the remorse that he abandoned Jun. Red Impulse beats into him the importance of the responsibility that it's up to him to at least find her body if Jun is dead. Ken's bracelet receives a bird scramble signal. Despite the fact that it might be a trap, the Science Ninja Team is mobilized. Willy City is well equipped with sewers. They locate the bird scramble in a subterranean base. It is ideal for the Jigokiller plants, since they're weak in the sun and they grow in darkness and water. Breaking into the base, they are barely able to rescue Jun who is bound to a scaffold. Meanwhile, Nambu discovers by coincidence that his blood causes the Jigokiller plan to wither. Because of this, he finds out that the plant cannot stand the Y-chromosome that every man has. He entrusts Red Impulse with a special Y-chromosome bomb. Because of the bomb dropped by Red Impulse, a Y-Chromosome rain is falling and each of the Jigokiller plants wither. The crisis of humankind is over. (Source: Wikipedia)
에피소드 수
- 36화 · 과학닌자대 등대 로켓과 갈락터 본부를 조사하며 두 소년을 돕다
- 37화 · 사이언스 닌자 팀이 산조 호수에서 미와 박사를 찾다가 갈락토르와 조우하다
- 38화 · 과학닌자대가 기계 공룡에 의해 습격받은 신비한 정글 도시를 조사합니다.
- 39화 · 데빌스타 포자가 여성을 공격하고 사이언스 닌자 팀이 감염된 저수지를 태운다
- 40화 · 지킬러가 하수도를 공격하고, 켄은 준을 찾으며 난부는 그들의 약점을 발견한다.
- 41화 · 사이언스 닌자 팀, 갈락터의 음파 무기 공격으로 납치된 록 밴드를 구출하다
- 42화 · 휴가 중 류가 갈락터에게 납치되어 징집 작전용으로 진진 감옥으로 이송된다
- 43화 · 갈락토르의 음모 속 평화로운 신혼여행을 지키는 사이언스 닌자 팀
- 44화 · 사이언스 닌자 팀, 모로이 시티에서 레드 임펄스의 도움으로 갈락터의 아르케오와 맞서다