Ep. 40: Le piante Jigokiller attaccano le fogne mentre Ken cerca Jun e Nambu ne scopre la debolezza.

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Jinpei piange nella bottega vuota di Jun mentre Nambu studia le piante Jigokiller. Queste piante operano nelle fogne, causando danni. Ken rifiuta di trasferirsi a causa del rimorso per aver abbandonato Jun. Red Impulse lo esorta a trovare il suo corpo. Il braccialetto di Ken segnala una posizione, spingendo la Science Ninja Team a mobilitarsi nonostante le possibili trappole. Individuano il segnale in una base sotterranea di Willy City, ideale per le piante che prosperano al buio e nell'acqua. Il team irrompe e salva Jun legata. Nel frattempo, Nambu scopre che il suo sangue appassisce le piante, rivelando che non possono resistere al cromosoma Y presente negli uomini. Consegna a Red Impulse una speciale bomba al cromosoma Y. Red Impulse la lancia, causando una pioggia di cromosoma Y che appassisce tutte le piante Jigokiller, ponendo fine alla crisi.