Koukaku Kidoutai: Stand Alone Complex

2032년, 인간과 기계의 경계는 흐려졌다. 수장 아라마키와 그의 사이보그 요원 모토코 쿠사나기가 이끄는 특수 반테러 부대인 섹션9는 사이보그 관련 범죄를 수사한다. 팀은 '더 어웨이크드'라는 위험한 집단과 마주치는데, 이들은 사람들의 정신과 몸을 해킹해 피해자가 모르는 사이 국가 범죄를 수행하도록 조종하는 것으로 의심된다. 이들 중 한 명을 체포한 쿠사나기는 사이버브레인에 접근해 그 집단의 지도자를 밝혀내려 한다. 그녀가 얻은 정보는 사이버스페이스 깊숙한 곳으로 그녀를 이끌며, 그 경험은 그녀에게 깊은 영향을 미친다.