Maria-sama ga Miteru

이야기는 가톨릭 여자 전교인 학교의 학생들을 중심으로 전개되며, 명확한 줄거리보다는 캐릭터 간의 상호작용에 초점을 맞춘다. 오래된 전통인 'sœur 시스템'은 고학년 학생이 저학년 학생과 짝을 지어, 고학년이 저학년에게 로자리오를 건네며 그들을 이끌고 돌보는 것을 약속하는 방식이다. 신입생인 유미는 2학년생인 사치코에게 유니폼 리본을 고쳐달라는 요청을 받는다. 유미는 하루 종일 그 순간을 떠올리며 친구들과 나누기도 한다. 나중에 한 반 친구가 유미에게 그 장면을 찍은 사진을 보여주며, 학교 축제에서 전시할 수 있도록 허락해달라고 요청하면서 사치코의 허락도 얻어달라고 한다. 이 일을 계기로 유미는 학생회인 야마다 유리카이(Yamayurikai)에 관여하게 된다. 사치코의 로자리오를 받아들인 후 유미는 다른 두 명의 작은 sœur 학생들과 함께 그 단체에 들어가게 된다. 그녀의 참여를 통해 유미는 다른 구성원들과 점점 가까워지며 그들과 함께 보내는 시간을 즐긴다.