Top wo Nerae! GunBuster

가까운 미래, 인간이 태양계를 넘어 확장함에 따라 우주를 통해 이동하는 거대한 곤충형 외계 종이 나타나 인간을 멸망시키려 한다. 이에 대응해 인간은 우주선과 거대한 전투 로봇을 제작하고, 전 세계의 학원에서 선발된 젊은 훈련생들이 이를 조종하게 된다. 이야기는 2023년, 외계 종과의 초기 충돌 직후를 배경으로, 한 학원의 학생인 노리코 타카야를 중심으로 전개된다. 그녀의 아버지는 유명한 함대 사령관이었으나 초기 전투에서 전사했고, 그녀 자신의 조종 능력은 여전히 불확실하다. 학원에서는 기량과 성적이 뛰어난 조종사인 카즈미 아마노와 함께, 전쟁의 상처와 타인의 회의, 그리고 노리코의 자기 회의와 같은 개인적인 고민을 맞서게 된다.