Top wo Nerae! GunBuster

W bliskiej przyszłości pojawia się gatunek dużych, owadopodobnych istot, które poruszają się po kosmosie, mając na celu zniszczenie ludzkości w miarę jej rozszerzania się poza Układ Słoneczny. Na tę odsłonę człowiek tworzy statki kosmiczne i ogromne roboty wojenne, sterowane przez młodych uczestników szkoleniowych programów wybranych z globalnych akademii. Akcja zaczyna się w 2023 roku, niedługo po pierwszych starciach z obcymi, skupiając się na Noriko Takaya, uczennicy jednej z takich akademii. Jej ojciec, znany kapitan floty, zginął w wczesnej bitwie, ale jej umiejętności pilota są nadal niepewne. Na akademii Noriko spotyka się z Kazumą Amano, doświadczonym i uzdolnionym pilotem. Razem stawiają czoła emocjonalnym ranom wojny, podejrzeniom ze strony innych oraz Noriko trudnościom z brakiem wiary we własne siły.