40. Bölüm: Dünya İttifakı'nın saldırıları başarısız olurken Orb liderleri fabrikaları yok etmek için canlarını feda eder
12 Temmuz 2003 tarihinde yayınlandı

Dünya İttifakı yeni bir saldırı başlatır ancak sonuç önceki çatışmayla aynıdır. Bu sırada Archangel ve Orb gemisi Kusanagi uzaya doğru yola çıkar, Orb liderlerini geride bırakır. Geriye kalan liderler, Orb'un kütle ivmelendirici ve silah fabrikalarını patlatmaya karar verir. Bu eylem askeri altyapıyı yok eder ancak Orb liderleri kendi silahlanma kapasitelerinin imhasını sağlamak için canlarını feda ederek hayatlarını kaybeder.
Bölümler
- 36. Bölüm · Lacus, hain olarak damgalanır, Freedom'u ele geçirmek için Justice'ı sürerken Athrun'un amacını sorgular.
- 37. Bölüm · Kira ve Başmelek Orb'a ulaşırken ZAFT Panama kütle ivmelendiricisini yok eder
- 38. Bölüm · Dünya İttifakı Orb'u tehdit ederken Azrael üç yeni mobil suit ile saldırır
- 39. Bölüm · Athrun, Justice'ı kullanarak Kira'yı Forbidden, Raider ve Calamity'e karşı desteklemek için koltuğa oturur.
- 40. Bölüm · Dünya İttifakı'nın saldırıları başarısız olurken Orb liderleri fabrikaları yok etmek için canlarını feda eder
- 41. Bölüm · Cagalli, gizemli bir fotoğrafla Kira'yı yüzleştirirken Lacus, babasının suikastinin ardından karşı propagandayı yayımlar.
- 42. Bölüm · Lacus ve Andrew Waltfeld, Athrun'u kurtarır ve Üç Gemili İttifak'ı oluşturur
- 43. Bölüm · Mendel kolonisinde Üç Geminin İttifakı sığınağı; ZAFT ve Dünya İttifakı güçleri onları takip ediyor.
- 44. Bölüm · Mu ve Dearka, Rau ile yüzleşmek için koloniye girerken Kira onlara yardım etmek için gelir.