Pocket Monsters Advanced Generation: Rekkuu no Houmonsha Deoxys

Một nhóm khách du lịch đến LaRousse, nơi họ gặp một cậu bé tên Tooi, người sợ Pokémon vì một sự kiện xảy ra cách đây bốn năm. Cùng lúc đó, một Pokémon không gian tên Deoxys trở lại, dựng lên một rào chắn xung quanh thành phố và bắt giữ người dân. Một Pokémon khác là Rayquaza, sống trong tầng bình lưu, xuất hiện để đối đầu với Deoxys.