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到2050年，由於全球暖化，日本約有十分之一的地區被淹沒，包括東京。日本政府在經濟復甦的過程中，成立了軍事組織JESAS，專門從事將核廢料處理至太空的任務。JESAS開發了由具備特殊能力「A.I.（精準直覺）」的飛行員操作的機械武器。與JESAS對立的是Green Frontier，一個由擁有共同環境目標的國家組成的國際機構。故事圍繞四位年輕人展開：JESAS的飛行員Kanna與Kazuto，以及Green Frontier的成員Doota Kang與Mira Yu。他們的行動，受到個人情感與責任感的驅使，將會影響地球的未來。