Uchuu Senkan Yamato 2199

২১৯৯ সালে, গামিলোসের সাথে ভয়াবহ যুদ্ধের পর মানবজাতি বিলুপ্তির মুখে দাঁড়িয়েছে, যার ফলে বেঁচে থাকা মানুষজনকে ভূগর্ভস্থ শহরে আশ্রয় নিতে হয়েছে। মঙ্গল গ্রহে একটি মহাকাশযান ধ্বংসস্তূপ থেকে একটি ক্যাপসুল আসে, যা অফিসার সুসুমু কোদাই এবং ডাইসুকে শিমারের কাছে পৌঁছায়, যা সম্ভাব্য সমাধান প্রকাশ করে: ম্যাগেলান গ্যালাক্সির ওপারে অবস্থিত ইসকান্ডার গ্রহের কাছে গামিলোসকে পরাজিত করার এবং পৃথিবীকে সুস্থ করার মাধ্যম রয়েছে। গ্রহটি অধিবাসের অযোগ্য হওয়ার আগে মাত্র এক বছর বাকি থাকতে, মহাকাশ যুদ্ধজাহাজ ইয়ামাটোকে মানবজাতির অস্তিত্ব নিশ্চিত করতে ইসকান্ডারে পৌঁছানোর মিশন দেওয়া হয়।