BLAME! Ver.0.11

In einer Stadt mit Tausenden von Ebenen, in der ein abgeschlossener Bereich liegt, wo sich die Schichten so stark überschneiden, dass eine Orientierung unmöglich ist, spielt die Handlung. Im Mittelpunkt steht eine geheimnisvolle Figur namens Kirii, der sich durch dieses Umfeld bewegt, um uninfizierte „Net Terminal Genes“ zu finden. Seine Mission ist zentral für das Rätsel der Geschichte. Zusätzliche animierte Szenen, bezeichnet als Log1 bis Log6, zeigen kurze Momente aus dem Manga, in denen Cibo, eine Figur, die Kirii begleitet, zu sehen ist. In einer Szene beginnt Cibo mit dem Herunterladen von Daten von einem weggeworfenen Datenträger, was Fragen aufwirft, welche „Memory“ dabei abgerufen wird. Diese Szenen ergänzen den Manga, enthalten jedoch keine vollständige Handlung.