BLAME! Ver.0.11

In una città composta da migliaia di livelli, in cui un'area chiusa vede sovrapporsi completamente gli strati rendendo impossibile l'orientamento, si svolge la storia incentrata su una figura misteriosa di nome Kirii, che viaggia in questo ambiente alla ricerca di "Net Terminal Genes" non infetti. La sua missione è centrale per il mistero del racconto. Altri segmenti animati, contrassegnati come Log1 a Log6, mostrano brevi scene tratte dal manga in cui appare Cibo, un personaggio che accompagna Kirii; in una di queste scene, Cibo inizia a scaricare dati da un disco gettato via, sollevando interrogativi su quale "Memoria" verrà recuperata. Questi segmenti sono complementari al manga e non presentano un'interna trama completa.