BLAME! Ver.0.11

数千ものレベルからなる都市が存在する。その都市のシャットダウンエリアでは、レイヤー同士が完全に重なっており、方向感覚を失ってしまうほどである。物語の中心には、謎の人物であるキリイがおり、この環境の中を移動しながら「ネットターミナル遺伝子」の未感染体を探し求める。彼の使命は物語の謎と深く結びついている。また、ログ1からログ6とラベル付けされた追加のアニメーションセグメントでは、キリイとともに行動するキャラクターであるチボが登場する短いシーンが描かれている。その中の1シーンでは、チボが処分されたディスクからダウンロードを開始し、どの「メモリー」が回復されるのかという疑問を投げかける。これらのセグメントは漫画の補足であり、完全なプロットを含んでいない。