SHY: Tokyo Dakkan-hen

Après avoir combattu l'« Amalareik » et son mystérieux chef Stigma, Shy retourne au Japon et fait la connaissance d'Ai Tennouji, une jeune fille qui a fui son village de ninjas pour retrouver un membre du même groupe. Peu de temps après, Tokyo est avalé par une sphère noire et disparaît. Shy et les autres sont envoyés pour tenter de récupérer la ville.