SHY: Tokyo Dakkan-hen

「アマラレイク」とその謎のリーダー・スティグマと戦った後、シャイは日本に戻り、忍者村を離れて同じグループのメンバーを探していた少女・アイ・天王寺と出会う。やがて東京は黒い球体に飲み込まれて姿を消す。シャイたちは東京奪還のため、その謎を追う旅に出る。