SHY: Tokyo Dakkan-hen

암라레크와 그 신비한 지휘관 스티그마와의 전투를 마친 쉬는 일본으로 돌아와, 닌자 마을을 떠나 같은 조직의 일원을 찾기 위해 떠난 소녀 아이 텐노우지와 마주친다. 얼마 지나지 않아 도쿄는 검은 구체에 삼켜져 사라지고, 쉬와 다른 이들은 도시를 되찾기 위해 출발한다.