एपि. 43: मेंडल कॉलोनी पर तीन जहाजों के गठबंधन का शरण, जब Z.A.F.T. और पृथ्वी गठबंधन की सेनाएं उन्हें ढूंढ रही हैं।

नए गठबंधन 'Three Ships Alliance' खंडित मेंडल कॉलोनी में शरण लेता है, लेकिन वहां उनकी उपस्थिति Z.A.F.T. और पृथ्वी गठबंधन की सैन्य इकाइयों दोनों द्वारा खोज ली जाती है। Z.A.F.T. बेड़े का नेतृत्व Rau Le Creuset करता है, जबकि पृथ्वी गठबंधन के आक्रमणकारी जहाज Dominion की कमान Captain Natarle Badgiruel के पास है। Dominion आक्रामक रवैया अपनाते हुए Freedom या Justice मोबाइल सूट्स में से किसी एक को पकड़ने के विशिष्ट उद्देश्य से हमला करता है। यह संघर्ष गठबंधन को दो विरोधी पक्षों की शक्तिशाली आग से एक साथ अपनी स्थिति की रक्षा करने पर मजबूर कर देता है। यह युद्ध कॉलोनी में छिपे उन्नत मोबाइल सूट्स पर नियंत्रण के लिए दो प्रमुख शक्तियों के बीच की रणनीतिक तनाव को उजागर करता है।

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